Відповідно до Порядку використання коштів, передбачених у державному бюджеті для виплати соціальних стипендій студентам (курсантам) вищих навчальних закладів, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28 грудня 2016 р. № 1045, вищий навчальний заклад або його структурний підрозділ до 5 числа кожного місяця подає до органів соціального захисту населення за місцезнаходженням вищого навчального закладу або його структурного підрозділу на паперових та електронних носіях (з 1 січня 2018 р. – з накладенням електронного цифрового підпису) списки студентів (курсантів), яким призначено соціальну стипендію (разом із сумою індексації). Структурні підрозділи соціального захисту населення щомісяця до 15 числа подають до Мінсоцполітики узагальнену заявку в розрізі адміністративно-територіальних одиниць.
Мінсоцполітики після надходження зазначених заявок щодо потреби в коштах на виплату соціальної стипендії не пізніше трьох робочих днів перераховує відповідні кошти структурним підрозділам з питань соціального захисту населення обласних, Київської міської держадміністрацій. Тобто, Міністерство освіти та науки України не уповноважене здійснювати призначення та виплату соціальних стипендій.
Структурні підрозділи соціального захисту населення протягом двох робочих днів перераховують кошти на рахунки органів соціального захисту населення.
Органи соціального захисту населення протягом двох робочих днів перераховують кошти на рахунки відповідних вищих навчальних закладів або їх структурних підрозділів.
Для виплати соціальних стипендій вищі навчальні заклади або їх структурні підрозділи відкривають в органах Казначейства за балансовим рахунком 3711 “Інші рахунки клієнтів Казначейства України” небюджетний рахунок для зарахування бюджетних коштів.
Вищі навчальні заклади або їх структурні підрозділи протягом двох робочих днів після надходження коштів на зазначені рахунки виплачують соціальну стипендію студентам (курсантам).
Інформація про виплачені соціальні стипендії щокварталу передається вищими навчальними закладами до територіальних підрозділів ДФС.